Čišćenje Petrijevih zdjelicaje mukotrpan proces, ali ovaj proces može učiniti eksperimente efikasnijim. Ako se Petrijeva zdjelica ne očisti, eksperimentator mora gubiti više vremena na obradu eksperimentalnih podataka. A ako se Petrijeva zdjelica temeljito očisti, eksperimentator može izvesti efikasnije.
Ručno čišćenje Petrijevih zdjelica:
Generalno, prolazi kroz četiri koraka: namakanje, ribanje, kiseljenje i čišćenje.
1. Namakanje: Novo ili korišteno stakleno posuđe prvo treba potopiti u vodu kako bi se omekšale i otopile nečistoće. Novo stakleno posuđe treba jednostavno oprati vodom iz slavine prije upotrebe, a zatim preko noći potopiti u 5%-tnu hlorovodoničnu kiselinu; korišteno stakleno posuđe često sadrži mnogo proteina i ulja, koje nije lako isprati nakon sušenja, pa ga treba odmah nakon upotrebe potopiti u čistu vodu radi ribanja.
2. Ribanje: Natopljeno stakleno posuđe stavite u vodu s deterdžentom i više puta ga ribajte mekom četkom. Ne ostavljajte mrtve prostore i spriječite oštećenje površinske obrade pribora. Operite i osušite očišćeno stakleno posuđe za kiseljenje.
3. Kiseljenje: Kiseljenje je namakanje gore navedenog pribora u rastvoru za čišćenje, poznatom i kao kiseli rastvor, kako bi se uklonile moguće ostatke supstanci na površini pribora usljed jake oksidacije kiselog rastvora. Kiseljenje ne smije trajati kraće od šest sati, obično preko noći ili duže. Budite oprezni s priborom.
4. Ispiranje: Pribor nakon ribanja i kiseljenja mora se temeljito isprati vodom. To da li je pribor ispran do kraja nakon kiseljenja direktno utiče na uspjeh ili neuspjeh kulture ćelija. Ručno operite pribor nakon kiseljenja, a svaki pribor mora se više puta "napuniti vodom-isprazniti" najmanje 15 puta, a na kraju potopiti u dvostruko destilovanu vodu 2-3 puta, osušiti ili osušiti i spakovati za kasniju upotrebu.

Metoda čišćenja pomoću XPZ-aperač laboratorijskog staklenog posuđaza čišćenje petrijeve zdjelice:
Količina za čišćenje: 168 petrijevih zdjelica može se očistiti u jednoj seriji
Vrijeme čišćenja: 40 minuta za potpuno čišćenje
Proces čišćenja: 1. Stavite petrijevu zdjelicu koju želite očistiti (nova se može direktno staviti u perilicu boca, a petrijeva zdjelica s hranjivim medijem treba isprazniti što je više moguće veći komad hranjivog medija) u odgovarajuću korpu perilice boca. Jedan sloj može očistiti 56 petrijevih zdjelica, a odjednom 168 troslojnih petrijevih zdjelica.
2. Zatvorite vrata mašine za pranje boca, odaberite program čišćenja i mašina će automatski započeti čišćenje. Proces čišćenja uključuje prethodno čišćenje – glavno pranje lužinama – neutralizaciju kiselinama – ispiranje čistom vodom.
3. Nakon čišćenja, vrata mašine za pranje boca se automatski otvaraju, vadi očišćenu posudu za kulturu i premješta se do opreme za sterilizaciju radi sterilizacije.
Čišćenje petrijevih zdjelica u biološkim laboratorijama je vrlo važan dio upravljanja laboratorijom. Korištenje potpuno automatske mašine za pranje boca umjesto ručnog čišćenja može spriječiti unakrsnu kontaminaciju koja utiče na eksperimentalne podatke, zaštititi zdravlje eksperimentalnog osoblja i poboljšati efikasnost eksperimenta.